ილია მეორე, ერისკაცობაში ირაკლი შიოლაშვილი, 1933 წლის 4 იანვარს ვლადიკავკაზში, გიორგი ღუდუშაური-შიოლაშვილისა და ნატალია კობაიძის ოჯახში დაიბადა. 1952 წელს, ვლადიკავკაზის 22-ე საშუალო სკოლის დამთავრების შემდეგ, სწავლა მოსკოვის სასულიერო სემინარიაში განაგრძო.

1957 წლის 16 აპრილს სასულიერო აკადემიის მე-2 კურსის სტუდენტი ილია მეორე საქართველოს მაშინდელი კათოლიკოს-პატრიარქის, მელქისედეკ III-ის ლოცვა-კურთხევით თბილისის წმინდა ალექსანდრე ნეველის სახელობის ტაძარში ბერად აღკვეცეს და მას სახელად ილია უწოდეს.

საქართველოს მაშინდელი კათოლიკოს-პატრიარქის, დავით V-ის გარდაცვალების შემდეგ, 1977 წლის 23 დეკემბერს საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა სინოდმა კათოლიკოსი ილია მეორე პატრიარქად აირჩია. ილია მეორის ინტრონიზაცია 1977 წლის 25 დეკემბერს სვეტიცხოვლის საკათედრო ტაძარში მოხდა.

პატრიარქის აღსაყდრების დროს საქართველოში მხოლოდ 15 ეპარქია იყო, ექვსი მღვდელმთავრითა და 60-მდე მოქმედი ეკლესიით. უწმინდესის მეოხებით, საქართველოს მართლმადიდებელმა ეკლესიამ აღიდგინა ავტოკეფალია, რის შედეგადაც მირონის მოხარშვის უფლება მოიპოვა. ილია მეორემ დაამკვიდრა ჩვილთა საყოველთაო ნათლობის ტრადიცია და დღეს მას 50 ათასამდე ნათლული ჰყავს. უწმინდესის 47-წლიანი მოღვაწეობის შედეგად გაიხსნა არაერთი სასულიერო აკადემია, აღდგა ქართული საეკლესიო გალობა, აშენდა ასობით ეკლესია-მონასტერი.